Ο Άγιος Μάρκος (Τοπική Κοινότητα Πηγαϊδακίων – Δημοτική Ενότητα Μοιρών) ανήκει στον Δήμο Φαιστού της Περιφερειακής Ενότητας Ηρακλείου που βρίσκεται στην Περιφέρεια Κρήτης, σύμφωνα με τη διοικητική διαίρεση της Ελλάδας όπως διαμορφώθηκε με το πρόγραμμα “Καλλικράτης”.
Η επίσημη ονομασία είναι “ο Άγιος Μάρκος”. Έδρα του δήμου είναι οι Μοίρες και ανήκει στο γεωγραφικό διαμέρισμα Κρήτης.
Κατά τη διοικητική διαίρεση της Ελλάδας με το σχέδιο “Καποδίστριας”, μέχρι το 2010, ο Άγιος Μάρκος ανήκε στο Τοπικό Διαμέρισμα Πηγαϊδακίων, του πρώην Δήμου Μοιρών του Νομού Ηρακλείου.