Η Νέα Καλυδώνα βρίσκεται σε υψόμετρο 16 μ. Ανήκει στον δήμο Ιεράς Πόλης Μεσολογγίου της Περιφερειακής Ενότητας Αιτωλοακαρνανίας που βρίσκεται στην Περιφέρεια Δυτικής Ελλάδας, σύμφωνα με τη διοικητική διαίρεση της Ελλάδας όπως διαμορφώθηκε με το πρόγραμμα “Καλλικράτης”. Έδρα του δήμου είναι το Μεσολόγγι και ανήκει στο γεωγραφικό διαμέρισμα Στερεάς Ελλάδας.
Κατά τη διοικητική διαίρεση της Ελλάδας με το σχέδιο “Καποδίστριας”, μέχρι το 2010, η Νέα Καλυδώνα ανήκε στο Τοπικό Διαμέρισμα Ευηνοχωρίου, του πρώην Δήμου Ιεράς Πόλης Μεσολογγίου του Νομού Αιτωλοακαρνανίας.
