Το Κάτω Κουδούνι βρίσκεται σε υψόμετρο 165 μ. Ανήκει στον δήμο Ιεράς Πόλης Μεσολογγίου της Περιφερειακής Ενότητας Αιτωλοακαρνανίας που βρίσκεται στην Περιφέρεια Δυτικής Ελλάδας, σύμφωνα με τη διοικητική διαίρεση της Ελλάδας όπως διαμορφώθηκε με το πρόγραμμα “Καλλικράτης”. Έδρα του δήμου είναι το Μεσολόγγι και ανήκει στο γεωγραφικό διαμέρισμα Στερεάς Ελλάδας.
Κατά τη διοικητική διαίρεση της Ελλάδας με το σχέδιο “Καποδίστριας”, μέχρι το 2010, το Κάτω Κουδούνι ανήκε στο Τοπικό Διαμέρισμα Άνω Κουδουνίου, του πρώην Δήμου Ιεράς Πόλης Μεσολογγίου του Νομού Αιτωλοακαρνανίας.
