Ο Άγιος Νικόλαος (νησίδα) ανήκει στον δήμο Άκτιου – Βόνιτσας της Περιφερειακής Ενότητας Αιτωλοακαρνανίας που βρίσκεται στην Περιφέρεια Δυτικής Ελλάδας, σύμφωνα με τη διοικητική διαίρεση της Ελλάδας όπως διαμορφώθηκε με το πρόγραμμα “Καλλικράτης”. Έδρα του δήμου είναι η Βόνιτσα και ανήκει στο γεωγραφικό διαμέρισμα Στερεάς Ελλάδας.
Κατά τη διοικητική διαίρεση της Ελλάδας με το σχέδιο “Καποδίστριας”, μέχρι το 2010, ο Άγιος Νικόλαος ανήκε στο Τοπικό Διαμέρισμα Πογωνίας, του πρώην Δήμου Παλαίρου του Νομού Αιτωλοακαρνανίας.
