Το ερειπωμένο κάστρο, το τμήμα του οικισμού με τους ελικοειδείς στενόμακρους δρόμους, τα ερειπωμένα αρχοντικά με τα τοξοειδή παράθυρα και τις τοξοειδείς εισόδους, ο τούρκικος μιναρές, οι πέτρινες βρύσες αποτελούν δείγματα της εποχής της Ενετοκρατίας και της Τουρκοκρατίας. Το κάστρο άρχισε να κατασκευάζεται από τους Τούρκους το 1549 επάνω στα ερείπια προϋπάρχοντος αρχαίου οχυρού, και καταστράφηκε από τους Βενετούς το 1571.
Αργότερα το φρούριο ανακατασκευάστηκε και έπαιξε σημαντικό ρόλο στις συγκρούσεις των μπέηδων του Μαργαριτίου με το πασαλίκι των Ιωαννίνων. Οι φυλακες του κάστρου Μαργαριτίου, ήταν γνωστες για τις σκληρές συνθήκες διαβίωσης των κρατουμενων και αναφέρονταν ως ((οι Φυλακες Κούτσουρο)). Ήταν σε λειτουργία μέχρι το έτος 1911 και φρουρούντο από στρατιώτες που έδρευαν στο Μαργαρίτι.Τα υπόγεια και υγρά κελλία του κάστρου Μαργαριτίου ήταν οι τρομερές φυλακες Κούτσουρο όπως μας λένε οι ιστορικοί μας Η. Σάραςκαι K. Σάθας βλέπε ιστορικές Διατριβές σελ.256, όπου φυλακίστηκε ο Γάλλος Πρίγκηπας Ροζέ από τον Αλη Πασα, που προσπάθησε να ξεσηκώσει τους Τσιάμηδες κατά του Αλη. Στις ίδιες φυλακες φυλακίστηκε και ο Διονύσιος ο Φιλόσοφος το 1611 μεταφερόμενος προς την Κέρκυρα, (λίγο πριν το γνωστο επαναστατικό κίνημα που οργάνωσε τότε). Έως το 1911 το φρούριο του Μαργαριτίου χρησίμευε ως στρατώνας, έδρα του στρατιωτικού διοικητού της περιοχής και ως φυλακες για τους βαρυποινίτες και τους επαναστάτες Έλληνες που αγωνίζονταν για την ελευθερια της Πατρίδας.Η οχύρωση του κάστρου ενισχύονταν από έξη κανόνια. Μετά την κατάργηση των φυλακων το 1911, τέσσερα από τα κανόνια μεταφέρθηκαν
στο διοικητήριο του Μαργαριτίου και τα τοποθέτησαν στο προαύλιο της κυριως εισόδου, δυο δεξιά και δυο αριστερά. Στην δεκαετία του 1970 τα κανόνια αφαιρέθηκαν από το Διοικητήριο και κάποια από αυτά μεταφέρθηκαν στο Μουσείο Ιωαννίνων.
Πηγες: Η. Σάρας, Ηλίας Τησαρχόντου βιβλ. τα φρούρια της Κέρκυρας και K. Σάθας Ιστορικές Διατριβές.
