Βρίσκεται σε υψόμετρο 120 μ. και σε απόσταση 25 χλμ. Από το Ρέθυμνο.
Αναφέρεται στην επαρχία Μυλοποτάμου το 1577 από το Fr. Barozzi, (f°28r) Schepasti, από τον Καστροφύλακα (Κ 174) Schiepasti με 222 κάτ. το 1583 και (K184) με 554 οφειλόμενες αγγαρείες, από το Βασιλικάτα (Μνημεία Κρητ. Ιστ. V, σ. 131) Schiepasti το 1630.
Στην τούρκικη απογραφή του 1671 Iskepasti με 15 χαράτσα, (Ν. Σταυρινίδη, Μεταφράσεις, B’, σ. 131). Στην απογραφή τού 1881 αναφέρεται Σκεπαστή στο δήμο Μελιδονίου me 117 Χριστιανούς κατοίκους και 40 Τούρκους. To 1900 είναι στον ίδιο δήμο κάτ. 168, το 1920 έδρα ομώνυμου αγροτικού δήμου, κάτ. 213, το 1928 στην κοινότητα Αχλαδέ, κάτ. 223, το 1940 έδρα ομώνυμ. κοινότητας, κάτ. 206, το 1951 244, το 1961 245, το 1971 κάτ. 214 και το 1981 με 205 κατοίκους.
Στο χωριό βρίσκεται η περίφημη εκκλησία της Παναγίας της Σκεπαστης, που γιά την ίδρυσή της υπάρχει ο παρακάτω θρύλος:
«To χωριό δεν απέχει πολύ από τη θάλασσα και κάποτε οι κουρσάροι σκλάβωσαν μαζί με άλλες κοπέλες και την όμορφη παπαδιά τού χωριού, και την πούλησαν σ ‘ ένα αγά στη Σμύρνη. Ο παπάς, ψάχνοντας να τη βρει ζητιανεύοντας, πήγε στη Σμύρνη και κτύπησε και την πόρτα τού αγά. Η παπαδιά τον γνώρισε. Πήρε ένα μεγάλο ψωμί, το έσχισε και το γέμισε φλουριά. Ανάμεσα τους έβαλε ένα σημείωμα που έγραφε:
Όντε δα πάς στη Σκεπαστή την ανασκεπασμένη
χτίσ’ εκκλησά διμάρτυρη γιά με την κολασμένη.
Όταν άνοιξε ο παπάς το ψωμί και είδε τη γραφή και τα φλουριά, κατάλαβε και ξαναπήγε στο σπίτι τού μπέη. Δεν κατόρθωσε όμως να ξαναδεί την παπαδιά κι έφυγε. Γύρισε στη Σκεπαστή κι έκτισε την εκκλησία και έβαλε την παρακάτω επιγραφή που σώζεται:
+ Α ΦΒ ‘ ΜΑΡΤΙΟΥ Γ ΕΚΤΙΣΘΗ Ο
ΘΙΟΣ ΝΑΟΣ ΤΗΣ ΙΠΕΡΑΠΑΣ ΘΕΟΤΟΚΟΥ
ΔΙΑ ΕΞΟΔΟΥ ΤΟΥ ΝΙΚΟΔΙΜΟΥ IEPOMONA
XOY TOY TAPMAPO ΑΠΟ ‘KAME Η ΠΡΕΣΒΙΤΕ
ΡΙΣΑ ΤΟΥ ΣΚΛΑΒΑ ΙΚΟΣΙ OKTO ΧΡΟΝΟΥΣ
ΚΑΙ ΙΡΘΕ: ΑΧ ΠΑΣΧΑ ΧΡΙΣΤΙΑΝΟ
Ο μπέης, βλέποντας μια μέρα την παπαδιά να αναστενάζει τη ρώτησε τί έχει. Εκείνη τού απάντησε:
σήμερα είναι τού Σταυρού, ταχιά τ’ αγιού Νικήτα που γίνεται στο σπίτι μου μεγάλο πανηγύρι
Ο Τούρκος απάντησε στο μοιρολόι τής παπαδιάς:
Αν έχει δόξα ο Σταυρός και χάρη ο Αϊ Νικήτας θενα βρεθείς στο σπίτι σου μ’ ότι βαστάς στο χέρι.
Κρατούσε ένα χρυσό λεγένι και τού έγερνε να πλυθεί. Αμέσως χάθηκε από μπροστά του η παπαδιά.
Στην πραγματικότητα φαίνεται πως την απελευθέρωσε και γύρισε στη Σκεπαστή.» (Κωστ. Μαρκουλάκης, Η Παναγία τής Σκεπαστής Μυλοποτάμου, «Κρητική Εστία», τεύχ. 52)
ΠΑΝΑΓΙΑ ΣΚΕΠΑΣΤΗ: “Κάποτε οι κουρσάροι σκλάβωσαν μαζί με άλλες κοπέλες και την όμορφη παπαδιά του χωριού, και την πούλησαν a‘ ενα αγά στη Σμύρνη. Ο παπάς, ψάχνοντας να τη δρει ζητιανεύοντας, πηγε στη Σμύρνη και κτύπησε και την πόρτα του αγά. Ηπαπααιά τον γνώρισε. Πήρε έναμεγάλο ψωμι, το έσχι-σε και το γέμισε φλονρια. Ανάμεσα τονς έβαλε ένα σημείωμα πον έγραφε:
Όντε θα πας στη Σκεπαστή την ανασκεπασμένη
χτίσ’ εκκλησά διμάρτυρη για με την κολασμένη.
Όταν άνοιξε ο παπάς το ψωμί και είόε τη γραφή και τα φλουριά, κατάλαβε και ξαναπήγε στο σπίτι τον μπέη. Δεν κατόρθωσε όμως να ξαναοεί την παπαοιά κι έφυγε.
Ο μπέης, βλέποντας μια μέρα την παπαδιά να αναστενάζει τη ρώτησε τίέχει. Εκείνη τον απάντησε:
Σήμερα είναι του Σταυρού, ταχιά τ’ αγιού Νικήτα
που γίνεται στο σπίτι μου μεγάλο πανηγύρι,
Ο Τούρκος απάντησε στο μοιρολόι της παπαδιάς:
Αν έχει δόξα ο Σταυρός και χάρη ο Ά ι Νικήτας
θε να βρεθείς στο σπιτι σου μ’ ό,τι βαστάς στο χέρι.
Κρατούσε ένα χρυσό λεγένι και του έγερνε να πλυθεί. Αμέσως χάθηκε από μπροστά του η παπαοιά. Στην πραγματικότητα φαίνεται πως την απελευθέρωσε και γύρισε στη Σκεπαστή. “
(Στ. Σπανάκη, Πόλεις και Χωριά της Κρήτης, τ. B’, σελ. 719-720.)
