Το παλιό όνομα του χωριού ήταν Βουτουφού με άγνωστη ετυμολογική προέλευση. Απέχει από το Αρκαλοχώρι εξίμιση (6,5) χιλιόμετρα στον οδικό άξονα Αρκαλοχώρι – Αγία Σεμνή – Λευκοχώρι – Γαρίπα – Τσούτσουρος.
Για πρώτη φορά το όνομα του χωριού αναγράφεται το 1388 σε έγγραφο του Δουκικού Αρχείου του Χάντακα. Το 1577 περιλαμβάνεται στην απογραφή του Barozzi με το όνομα Vutufu και από τον Καστροφύλακα το 1588 με 32 κατοίκους. Με το ίδιο όνομα καταγράφεται σε όλες τις απογραφές μέχρι το 1951. Τότε οι κάτοικοι αποφάσισαν και μετονόμασαν δυστυχώς το χωριό τους σε Λευκοχώρι.
Το παλιό χωριό είναι χτισμένο πάνω στην κορυφή ενός λόφου με απόκρημνες πλαγιές στη νότια, νοτιοανατολική και νοτιοδυτική πλευρά του. Μπροστά στα πόδια του απλώνεται ένα μικρό αλλά εύφορο οροπέδιο, όπου καλλιεργούνται κυρίως αμπέλια.
Κατά τη διάρκεια της Τουρκοκρατίας το χωριό κατοικούσαν χριστιανοί. Κατά τον περασμένο αιώνα στο χωριό έγιναν σκληροί αγώνες για την ελευθερία και την ένωση της Κρήτης με την Ελλάδα. Στην επανάσταση του 1897 το χωριό κάηκε από τους Οθωμανούς των Παρτήρων, ενώ στην περιοχή δυτικά του χωριού Πάνω Πουλιές ξέσπασε μάχη μεταξύ των μουσουλμάνων του χωριού και μουσουλμάνων από άλλα χωριά για ασήμαντη αφορμή.
Σκληρή μάχη μεταξύ μουσουλμάνων και χριστιανών έγινε το 1897 στο εξωκλήσι του Αγίου Γεωργίου, που βρίσκεται έξω από το χωριό, στο δρόμο: Αρκαλοχώρι – Αγία Σεμνή – Λευκοχώρι.
Σε όλους τους εθνικούς αγώνες οι κάτοικοι έδωσαν το δικό τους παρών και προς τιμή τους η κοινότητα Λευκοχωρίου και η Νομαρχία Ηρακλείου, έστησε ένα καλαίσθητο ηρώο στην πιο όμορφη θέση του χωριού, στο «Πορτάλι», με υπέροχη θέα προς τον κάμπο της Μεσσαράς.
Στις προηγούμενες δεκαετίες το χωριό απλώθηκε στα χαμηλότερα μέρη του κάμπου εγκαταλείποντας την ευάερη κορυφή του λόφου, με την απολαυστική θέα και τη δροσιά των καλοκαιρινών μηνών του έτους.
Στην περιφέρεια του χωριού στη θέση «Κοκολιανό» συναντούμε τον Γεροντόσπηλιο, δεμένο με ωραίες παραδόσεις και θρύλους, ενώ στο ρουμάνι χαμηλά προς τα βορειοανατολικά, τη φημισμένη κρήνη «Σαρακήνα», με τις ιαματικές ιδιότητες,και τις ωραίες παραδόσεις και θρύλους της. Λίγο πιο πάνω από την πηγή συναντούμε το ξωκλήσι του «Αφέντη Χριστού» των υστεροβυζαντινών χρόνων με τις εν μέρει κατεστραμένες τοιχογραφίες.
