Η Καλλονή βρίσκεται στη βόρεια πλευρά του Δήμου. Είναι χτισμένη σε υψόμετρο 330 μ από τη θάλασσα και απέχει από το Ηράκλειο 20 χιλιόμετρα. Σύμφωνα με την απογραφή του 2001 έχει 278 κατοίκους. Συνορεύει με το Καταλαγάρι, το Δήμο Αρχανών, τον Άγιο Βασίλειο, τις Αγιές Παρασκιές, τα Πεζά και το Χουδέτσι.
Την ονομασία Καλλονή το χωριό την πήρε το 1928, από τον τότε πρόεδρο το χωριού που υπηρετούσε ως χωροφύλακας στην Καλλονή Μυτιλήνης. Το προηγούμενο όνομα του χωριού ήταν Σκιλλούς, όνομα αρχαιότατο, που προέρχεται από το φυτό σκίλλη ή σκιλλοκρομμύδα, το οποίο αφθονούσε στην περιοχή. Μερικοί λένε ότι το όνομα μπορεί και να σχετίζεται με την αρχαία πόλη Σκιλλούντα, που βρισκόταν στην Πελοππόνησο.
Η αρχαιότερη μνεία του οικισμού αναφέρεται το 1271 ως Kilee, σε συμβόλαιο του συμβολαιογράφου του Χάνδακα Pietro Scardon, σύμφωνα με το οποίο: O Marcus Dandulo, κάτοικος του Χάντακα, για ποσό που έλαβε οφείλει να παραδώσει δι΄εξόδων του στο Phylippo Belono 40 μουζούρια καλό κρητικός τάρι, αντί 69 υπέρπυρα κρητικά και 400 μίστατα καλό κρητικό κρασί, από τα α μπέλια του στο χωριό Killee, αντί 46 κρητικά υπέρπυρα.
Σε άλλο συμβόλαιο του 1279 αναφέρεται ως Sichilla ή Sichylu σε έγγραφα του Δουκικού Αρχείου το 1368. Σε άλλο έγγραφο του ίδιου αρχείου το1379 αναφέρεται ως Scilu και Castro Sichilu.
Το 1577 αναφέρεται από τον Καστροφύλακα στην επαρχία Πεδιάδας ως Schilus με 273 κατοίκους, από το Βασιλικάτα το 1583 ως Schilus. Στην τούρκικη απογραφή του 1630 αναφέρεται ως Iskilus με 40 χαράτσα , ενώ στην αιγυπτιακή απογραφή του 1834 ως Skylus με 10 χριστιανικές και 12 τούρκικες οικογένειες.
Ο Χουρμούζης το γράφει Σκυλούς με 11 χριστιανικές και 9 τούρκικες οικογένειες το 1842. Στην απογραφή του 1881 το συναντούμε ως Σκυλοί στο Δήμο Αγιών Παρασκιών με 209 χριστιανούς και 80 Τούρκους, το 1900 γράφεται Σκυλοί και βρίσκεται στον ίδιο Δήμο, ενώ το 1920 γράφεται Σκυλλούς και είναι έδρα ομώνυμου αγροτικού Δήμου. Το 1928 έγινε η ατυχής μεταμόρφωση του σε Καλλονή,
Η περιοχή πρέπει να ήταν κατοικημένη από τη Μινωική εποχή, αφού στη θέση Φανάρι βρέθηκαν ερείπια μινωικού οικισμού, καθώς και όστρακα και ειδώλια αρχαϊκής εποχής.
Ήταν κατοικημένο βέβαια τα βυζαντινά και τα ενετικά χρόνια, αφού υπάρχουν βυζαντινές εκκλησίες και ενετικά κτίσματα.
Εκεί που σήμερα είναι το σχολείο, παλιά ήταν η εκκλησία της Αγίας Κατερίνας, ενώ στην εποχή της Τουρκοκρατίας ήταν τζαμί. Λειτούργησε ως σχολείο το 1926, σύμφωνα με τον πληροφοριοδότη μας κ. Σταύρο Παπαδάκη. Οι μαθητές της Καλλονής από το 1996 φοιτούν στο Δημοτικό Σχολείο των Κουνάβων και την αίθουσα του σχολείου, χρησιμοποιεί σήμερα ο Πολιτιστικός Σύλλογος.
Στα χρόνια της Γερμανικής Κατοχής, στο χωριό είχαν εγκατασταθεί αρκετοί Γερμανοί. Αρκετοί από το χωριό οργανώθηκαν στην Εθνική Αντίσταση και έγιναν αντάρτες στην ομάδα του Μπαντουβά.
Από την Καλλονή καταγόταν ο Γεράσιμος ο Β΄ο Παλλαδάς, Πατριάρχης Αλεξανδρείας, ο οποίος διακρίθηκε για τη σοφία και την ευσέβειά του. Σήμερα οι κάτοικοι της Καλλονής φτιάχνουν ένα ναό για να τιμήσουν τη μνήμη του.
Στο κέντρο του χωριού υπάρχει μια παλιά βρύση πάνω στην οποία είναι λαξευμένος ο βυζαντινός δικέφαλος αετός, καθώς και μια τούρκικη επιγραφή στην οποία είναι χαραγμένο το όνομα του Τούρκου που την ανακαίνισε.
Στην τοποθεσία Φανάρι, υπήρχε ένα βυζαντινό εξωκλήσι, ο Άγιος Φανούριος, που πρέπει να ήταν μοναστήρι παλιά, το οποίο έχουν σήμερα ανακαινίσει οι κάτοικοι και κάνουν εκεί μεγάλο πανηγύρι στις 27 Αυγούστου.
Στη θέση Μαρκάκη, ονομασία που προέρχεται μάλλον από τον ιδιοκτήτη της περιοχής υπάρχει ο Άγιος Αντώνιος, εκκλησάκι χτισμένο μέσα σε βράχο, με πολύ παλιές αγιογραφίες.
Στη θέση Αμμουδάρα, υπάρχει η παλιά εκκλησία της Αγίας Φωτεινής, η οποία λένε πως την έχτισε ο Νικηφόρος Φωκάς, όταν απελευθέρωσε την Κρήτη, η οποία έχει μέσα μια σημαντική βυζαντινή τοιχογραφία. Πρέπει να υπήρχε εκεί γυναικείο μοναστήρι, το οποίο εγκαταλείφτηκε πριν το 1600 μ. Χ. Το αναφέρει στη διαθήκη του ο Πατριάρχης Παλλαδάς, σύμφωνα με την οποία: εγκαταλείπω την εν τω χωρίω Σκιλλούντι περιουσία μου… αποτελούμενην από αμπελοπερίβολον, συνορεύον κτήμασι ηρειπωμένης Μονής Αγίας Φωτεινής.
Μια ωραία παράδοση είναι συνδεμένη με το ναό αυτό που παλιά ήταν μοναστήρι με μια καλόγρια μόνο. Όταν ήρθε η ώρα λένε για να πεθάνει, έφτιαξε ένα σφουγγάτο και ύστερα βγήκε έξω και φώναξε δυνατά προς το χωριό: «Χωριανοί, ελάτε να με θάψετε, γιατί πεθαίνω» .
Πράγματι οι χωριανοί πήγαν και τη βρήκαν πεθαμένη. Βρήκαν και το σφουγγάτο το οποίο και έφαγαν για το συχωρεμό της.
Άλλα τοπωνύμια του χωριού είναι το Μεγάλο Χαράκι, τα Κουτούτα, ο Ανεμόμυλος, του Τσάγκα, οι Πλάκες, τα Φυθιά, οι Σκάφες , η Αγιά Φωθιά/ ο Μαζοκόπος, του Μαρκακη, ο Κολιός, ο Κάστελος, το Φανάρι.
Καλλονή
Μέσα στο χωριό υπάρχουν οι γειτονιές: Ντισταύρι, Τσικιμάς, Παναγία, Καμάρα, Πλυσταριό, ΄Αγιος Αντώνιος και Χαντάκια.
Πολιούχοι του χωριού είναι ο Άγιος Νικόλαος και ο Άγιος Αμβρόσιος, διμάρτυρη εκκλησία. Υπάρχει ακόμα ο ναός του Ευαγγελισμού στο κέντρο του χωριού, ο ναός του Αγίου Αντωνίου και η ανακαινισμένη εκκλησία της Κερα-Καρδιώτισσας, που βρίσκεται στο νεκροταφείο.
Τα οδωνύμια της Καλλονής πρέπει να αναφέρονται στα πλούσια ιστορικά στοιχεία (αφού το χωριό είναι παλιό) και ειδικά εκκλησιαστικά ονόματα μια και σημαντικοί ιεράρχες κατάγονται από το χωριό αυτό, όπως ο λόγιος Πατριάρχης Αλεξανδρείας Γεράσιμος Β΄ Παλλαδάς.
Αναφορά πρέπει εξάλλου να γίνει και στη Β΄Βυζαντινή περίοδο της Κρήτης και στην περίοδο της Ενετοκρατίας, κατά την οποία το χωριό είχε ακμάσει.(το μαρτυρούν τα αρχαιολογικά ευρήματα της Αγια-Φωθιάς, του Κάστελου, της Κάτω Βρύσης).
Ευχόμαστε δε οι νέοι κάτοικοι του χωριού να συναισθανθούν κάποτε το σφάλμα των παλαιότερων κοινοταρχών και να επαναφέρουν το παλιό όνομα του οικισμού.
