Απ’ το 12ο αιώνα π.Χ. άρχισε η παρακμή των Μυκηνών. Η καταστροφή του κράτους των Χετταίων που ήταν και οι μοναδικοί φορείς ήδη από το 17ο αιώνα της τέχνικής επεξεργασίας του σιδήρου, η απώλεια των αιγυπτιακών αγορών άρχισαν να κλονίζουν τις Μυκήνες. Η καταστροφή αυτή συμπληρώθηκε απ’ τους Ηρακλειδείς. Μετά το φόνο του Αγαμέμνονα απ’ τον Αίγισθο, το κράτος των Ατρειδών έπαψε να υπάρχει και οι νέοι κατακτητές της Πελοποννήσου, οι Δωριείς, δε δυσκολεύτηκαν καθόλου να πατήσουν το 1100 π.Χ. τη χώρα, που έφτασε σε μεγάλο βαθμό πολιτισμού.
Από τότε έπεσαν σε αφάνεια μέχρι τους περσικούς πολέμους. Λίγοι μόνο πολεμιστές της πήραν μέρος στις μάχες Θερμοπυλών και Πλαταιών. Καταστράφηκαν ξανά το 468 π.Χ. από τους Αργείους που έγιναν κύριοι της περιοχής και τη μοίρασαν στους φτωχούς πολίτες του Άργους.
Οι παλιοί κάτοικοι των Μυκηνών σκορπίστηκαν σε όλη σχεδόν την Ελλάδα φτάνοντας μέχρι τη Μακεδονία.
Βέβαια υπήρχαν ακόμα στην παλιά πόλη μερικοί κάτοικοι μέχρι το 150 μ.Χ., οπότε πιθανώς ερημώθηκε τελείως.
