Ο Άγιος Ιωάννης (Τοπική Κοινότητα Λιμνών – Δημοτική Ενότητα Αγίου Νικολάου) ανήκει στον δήμο Αγίου Νικολάου της Περιφερειακής Ενότητας Λασιθίου που βρίσκεται στην Περιφέρεια Κρήτης, σύμφωνα με τη διοικητική διαίρεση της Ελλάδας όπως διαμορφώθηκε με το πρόγραμμα “Καλλικράτης”.
Η επίσημη ονομασία είναι “ο Άγιος Ιωάννης”. Έδρα του δήμου είναι ο Άγιος Νικόλαος και ανήκει στο γεωγραφικό διαμέρισμα Κρήτης.
Κατά τη διοικητική διαίρεση της Ελλάδας με το σχέδιο “Καποδίστριας”, μέχρι το 2010, ο Άγιος Ιωάννης ανήκε στο Τοπικό Διαμέρισμα Λιμνών, του πρώην Δήμου Αγίου Νικολάου του Νομού Λασιθίου.