Η Καστοριά με τις 72 εκκλησίες της είναι η μόνη πόλη στην Ελλάδα που σώζει σε μεγάλο βαθμό αδιάλειπτα τη βυζαντινή και μεταβυζαντινή μνήμη. Με εξαίρεση το Άγιον Όρος μόνο στην Καστοριά υπάρχουν φορητές εικόνες της Κρητικής Σχολής και μάλιστα πρώιμης χρονολογίας. Οι εκκλησίες, οι τοιχογραφίες, οι φορητές εικόνες και τα αρχοντικά, είναι μάρτυρες οικονομικής ακμής και πολιτισμού σχεδόν 10 αιώνες περίπου. H ανέγερση των εκκλησιών της Καστοριάς, όπως του Αγίου Γεωργίου 1085 από τον Αυτοκράτορα του Βυζαντίου Αλέξιο Κομνηνό συνεχίστηκε από μια πλειάδα της εκάστοτε μακραίωνης τοπικής αριστοκρατίας ως κτητόρων, όπως π.χ. των Αγίων Αναργύρων και του Νικολάου Κασνίτζη.Το μοναστήρι της Μαυριώτισσας του 11ου αιώνα είναι τοιχογραφημένο και στην εξωτερική όψη, όπως συνηθίζεται στη Βόρεια Ελλάδα και στα Βαλκάνια. Στις τοιχογραφίες του ναού, επί Οθωμανικής αυτοκρατορίας, είχαν αφαιρεθεί τα μάτια από όλα τα εικονιζόμενα πρόσωπα.
Μερικές από τις βυζαντινές και μεταβυζαντινές εκκλησίες που σώζονται σήμερα στη Καστοριά είναι οι:
Η Παναγία η Καστριώτισσα, γνωστή ως Κουμπελίδικη, αρχές του 11ου αι. (1020-1025) κατά την επικρατέστερη άποψη (Krautheiemer, Wharto-Epstein) που βασίζεται στο ιστορικό γεγονός της λήξης των επιχειρήσεων (1019) για την εκδίωξη των Βουλγάρων από τον Αυτοκράτορα του Βυζαντίου Βασίλειο Β΄ Βουλγαροκτόνο.Είναι η μοναδική εκκλησία της Καστοριάς με τρούλο και η μοναδική με την απεικόνιση της Αγίας Τριάδας.
Ιερά Μονή της Μαυριώτισσας (περί τα τέλη του 11ου αι.) που προϋπήρχε της Κουμπελίδικης ως Μοναστηρικό συγκρότημα.
Ο Άγιος Στέφανος του (11ου αι.) είναι η μοναδική παλιά εκκλησία με γυναικωνίτη.
Ο Ταξιάρχης Μητροπόλεως (11ου αι.)
Οι Άγιοι Ανάργυροι (12ου αι.) είναι ο μοναδικός ναός στην Καστοριά που έχει μαρμάρινο διάκοσμο, αμφικιόνια, επίκρανα και περιθυρώματα με ποικίλα ανάγλυφα σ΄όλες τις πύλες.
Ο Άγιος Νικόλαος του Κασνίτζη 
(δεύτερο ήμισυ 12ου αι.). Ονομάσθηκε έτσι από τον κτήτορά της μάγιστρο Νικηφόρο Κασνίτση, για να διακρίνεται από τους υπόλοιπους 11 ναούς που είναι αφιερωμένοι στον ίδιο Άγιο.
Άγιος Αθανάσιος του Μουζάκη κοντά στη Μητρόπολη, η μικρή μονόχωρη ξυλόστεγη εκκλησία με κτητορική επιγραφή Θεοδώρου Μουζάκη. Ανειγέρθη κέ ὴνεκενίστει ἐκ βάθρου κέ κόπου κέ μόχθου ὁ θείος και πάνσεπτος ναός (1392)
Ναός Αγίων Τριών (14ου αι.)
Ναός Αγ. Νικολάου Μαγαλειού (16ου αι.)
