Φυσικό ήταν να προκαλέσει τις βλέψεις των Τούρκων, που, παρά τις συνθήκες με τη Βενετία, βολιδοσκοπούσαν την κατάκτηση της περιοχής, Ο Βαγιαζήτ Β´ στα τέλη του 1500 συγκέντρωσε τις δυνάμεις του εναντίον της Μεθώνης, “το Πόρτ-Σάιδ της Φράγκικης Ελλάδας, τον σπουδαίο ενδιάμεσο σταθμό μεταξύ Βενετίας και Άγιων Τόπων, όπου κάθε ταξιδιώτης σταματούσε κατά τη διαδρομή του στην Ανατολή. Ένας προσκυνητής που την επισκέφθηκε το 1484 θαύμασε τα γερά τείχη, τις βαθειές τάφρους και τους οχυρούς πύργους” δέκα χρόνια αργότερα ήταν πιο οχυρωμένη. Ο Βαγιαζήτ παρά τη στενή πολιορκία δεν θα μπορούσε να την εκπορθήσει, αν οι κάτοικοι ενθουσιασμένοι από την άφιξη ενισχύσεων δεν εγκατέλειπαν τα τείχη, γεγονός που εκμεταλλεύτηκαν οι γενίτσαροι και κατέλαβαν τον πύργο από το παλάτι του κυβερνήτη. Η πόλη παραδόθηκε στη φωτιά, ο Καθολικός επίσκοπος σκοτώθηκε την ώρα που μιλούσε στους πιστούς, ο ανδρικός πληθυσμός αποκεφαλίστηκε, οι γυναίκες και τα παιδιά πουλήθηκαν σαν δούλοι. Στις 9 Αυγούστου 1500 “η Μεθώνη έπεσε αφού παρέμεινε στα χέρια της Βενετίας τριακόσια περίπου χρόνια. Χαρούμενος για το έπαθλό του ο Βαγιαζίτ έκανε τον γενίτσαρο που πρωτανέβηκε στα τείχη σαντάκμπεη, δηλαδή επαρχιακό διοικητή, και την πρώτη Παρασκευή μετά την άλωση, όταν έσβησε η φωτιά, πήγε στη βεβηλωμένη μητρόπολη για να προσφέρει τις ευχαριστίες του στον θεό των μαχών, που, όπως ομολόγησε, όταν κοίταζε τη βαθειά τάφρο, του χρώσταγε την κατάκτηση αυτής της οχυρής πόλης”. Η ερήμωση ήταν τέτοια ώστε διέταξε να σταλούν από “κάθε χωριό του Μοριά” οικογένειες για να αποκτήσει ξανά πληθυσμό η Μεθώνη. Τα τείχη επιδιορθώθηκαν και η περίοδος της πρώτης τουρκικής κατοχής άρχισε. Το 1531 στο λιμάνι της Μεθώνης πόδισαν οι Ιππότες του Αγίου Ιωάννη με σκοπό να καταλάβουν την άλλοτε βενετσιάνικη αποικία. Αρχικά κατόρθωσαν με σκευωρία να αποβιβαστούν και να εξουδετερώσουν τους φρουρούς. Η κατάληψη, όμως, του φρουρίου δεν ολοκληρώθηκε γιατί έφθασαν τουρκικές ενισχύσεις, που τους ανάγκασαν, αφού λεηλάτησαν την πόλη και συνέλαβαν 1600 αιχμαλώτους, να φύγουν. Στα 1572 τα παράλια της Μεθώνης απειλήθηκαν από τον Dοn Juan της Αυστρίας, που δεν μπόρεσε, όμως, τελικά να την καταλάβει. .
Σε όλη τη διάρκεια του 16ου και 17ου αιώνα, παρόλο που η μορφή της Μεθώνης δεν έχει αλλάξει, η παρακμή σε όλους τους τομείς είναι εμφανής. Τον Ιούνιο του 1686 οι δυνάμεις του Μοροζίνι πολιόρκησαν τη Μεθώνη, την οποία στις 10 Ιουλίου οι Τούρκοι εγκατέλειψαν. Τα τείχη, που είχαν υποστεί σημαντική καταστροφή κατά την πολιορκία, επιδιορθώθηκαν και νέοι κάτοικοι στάλθηκαν για να ενισχύσουν το δυναμικό της πόλης. Η δεύτερη, όμως, αυτή περίοδος της Βενετοκρατίας δεν διήρκεσε πολύ. Το 1715 οι Τούρκοι πολιόρκησαν το κάστρο και οι Βενετοί υπερασπιστές τρομοκρατημένοι το εγκατέλειψαν φεύγοντας από την πύλη της θάλασσας. Σ’ αυτή τη δεύτερη περίοδο της Τουρκοκρατίας η παρακμή ολοκληρώθηκε. Όπως φαίνεται και από τις περιγραφές των περιηγητών ο πληθυσμός είχε μειωθεί, οι οχυρώσεις βρίσκονταν σε κακή κατάσταση και το λιμάνι είχε επιχωθεί. Το σημαντικότερο εμπόριο που διεξήγετο ήταν αυτό των σκλάβων! Η απογοήτευση που αισθάνονταν οι ταξιδιώτες της εποχής φθάνοντας στο λιμάνι της Μεθώνης, είναι φανερή και στο Οδοιπορικό του F. Chateaubriand, που θεωρεί την ιστορία της “άδοξη”.
Το 1825 ο Ιμπραήμ κατέλαβε τη Μεθώνη και εγκαταστάθηκε στο διοικητήριο, πάνω από την είσοδο του κάστρου. Στο ίδιο κτίριο εγκαταστάθηκε το 1829 ο γάλλος στρατηγός Μαιζόν, που απελευθέρωσε και την πόλη μαζί με άλλες της Πελοποννήσου.
Σήμερα τα τείχη του φρουρίου, αν και ερειπωμένα εξακολουθούν να είναι επιβλητικά. Το κάστρο της Μεθώνης καταλαμβάνει ολόκληρη την έκταση του ακρωτηρίου της νοτιοδυτικής ακτής μέχρι το μικρό νησάκι, που επίσης οχυρώθηκε με οκταγωνικό πύργο και βρέχεται και από τις τρεις πλευρές από τη θάλασσα. Η βόρεια πλευρά του, αυτή που βλέπει προς την ξηρά, καταλαμβάνεται από μία ισχυρά οχυρωμένη ακρόπολη. Μια τάφρος βαθιά χωρίζει το κάστρο από την ξηρά και η επικοινωνία αρχικά γινόταν με ξύλινη γέφυρα. Οι Βενετοί επεξέτειναν τις αρχαίες οχυρώσεις και έκαναν διάφορες προσθήκες και επισκευές και στις δύο περιόδους που κατείχαν το κάστρο.
Η είσοδός του βρίσκεται στη μέση περίπου της βόρειας πλευράς και είναι προσιτή με μια πέτρινη γέφυρα από δεκατέσσερα τόξα, που χτίστηκε πάνω από την τάφρο από τους τεχνικούς της Expedition scientifique de Μοree, που συνόδευε τον στρατηγό Μαιζόν. Συγχρόνως ανακαινίστηκε και η πύλη, που με τη μνημειακή μορφή της αποτελεί ένα από τα εντυπωσιακότερα στοιχεία του κάστρου. Το άλλο είναι η έκτασή του. Η πύλη της εισόδου απολήγει σε ένα καμπυλόμορφο τόξο, και δεξιά και αριστερά φέρει παραστάδες με κορινθιακά κιονόκρανα. Θεωρείται έργο των Βενετών μετά το 1700.
