Πᾶσα ἡ σπουδαιότης τῆς Μονῆς ταύτης ἔγκειται ἐν τῇ περισωθείσῃ ἀρχαιοτάτῃ ὑπογείῳ Ἐκκλησίᾳ, ἥτις εἶναι τρισυπόστατος, καὶ τοῦτο εἶναι τὸ ἀρχαιότατον γνωστὸν παράδειγμα τοιαύτης ἀρχιτεκτονικῆς, ὅπερ μετὰ ταῦτα ἐφηρμόσθη εἰς τὴν Βασιλικήν τῆς Βηθλεὲμ καὶ ἀλλαχοῦ. Τὸ Μοναστήριον εὑρίσκεται εἰς τὴν παλαιὰν ἀγοράν, πλησίον τοῦ Ἱεροῦ Ναοῦ τῆς Ἀναστάσεως. Οἱ Δομηνικανοὶ Πατέρες ἐν τῇ ἐρεύνῃ τοῦ μνημείου τούτου ἀνάγουσι τὴν ἵδρυσιν αὐτοῦ εἰς τὰ ἔτη 450-460 ὡς γενομένην ὑπὸ τῆς Εὐδοκίας. Τὴν δὲ οἰκοδομὴν τοῦ νάρθηκος θεωροῦσιν ἔργον τῆς ἐποχῆς τοῦ Μοδέστου. Τὸ Ἱεροσολυμιτικὸν Κανονάριον ἀναφέρει τὴν τοπικὴν θέσιν τοῦ εὐκτηρίου ἐν τῷ ἄκρῳ τῆς κάτω πόλεως, χωριζομένης ἐκ τῆς ἄνω διὰ τῆς ὁδοῦ Δαυΐδ. Ὁ εὐκτήριος τοῦ Τιμίου Προδρόμου τῷ 614 ἀναφέρεται ὡς Μονὴ τοῦ Ἁγίου Ἰωάννου, ἐν ᾗ ἐσφάγησαν 4214 καὶ τότε κατεστράφη ἡ Ἐκκλησία καὶ ἀνῳκοδομήθη εἶτα ὑπὸ τοῦ Μοδέστου. Ἡ Ἐκκλησία ᾠκοδομήθη τὸν ια΄ αἰῶνα ὑπὸ τῶν Βυζαντινῶν. Ἡ Μονὴ τοῦ Προδρόμου κατελήφθη ὑπὸ τῶν Σταυροφόρων καὶ συνεδυάσθη μετὰ τοῦ Νοσοκομείου αὐτῶν. Μετὰ τὴν ἀπέλασιν τῶν Σταυροφόρων ἡ Μονὴ ἀπεδόθη πάλιν εἰς τοὺς ἡμετέρους καὶ ἕνεκα τῶν τότε καιρικῶν περιστάσεων ὑπήχθη εἰς τοὺς Ἴβηρας. Οἱ κρατοῦντες δὲν ἐπέτρεπον τὴν ἀνοικοδόμησιν, διὸ καὶ ἐπεσκεύαζον διὰ ξηρολίθου. Ἐν τῷ φιρμανίῳ τοῦ Σουλτάνου Σελήμ, ἡ Ἱερὰ Μονὴ ἀναγνωρίζεται ὡς ἰδιοκτησία τῶν Ἑλλήνων, καθὼς καὶ ἐν τῷ τοῦ Σουλεϊμᾶν. Τῷ 1836 τὰ τείχη τῆς Ἱερᾶς Μονῆς ἀνηγέρθησαν ἐκ θεμελίων. Ἡ Ἐκκλησία ἐστρώθη διὰ μαρμάρων, ἐπεχρίσθη διὰ κονιάματος καὶ κατεσκευάσθη ὡραῖον εἰκονοστάσιον ἐκ ξύλου ἀσήπτου. Ἡ ὅλη ἐργασία ἐγένετο ἐπὶ Λύδδης Κυρίλλου Πατριαρχικοῦ Ἐπιτρόπου. Τότε ἀνεκαλύφθη καὶ ἡ ὑπόγειος Ἐκκλησία. Μεταξὺ τῶν κειμηλίων καὶ τῶν θαυματουργῶν εἰκόνων εἰς τὸ Μοναστήριον διασώζονται καὶ τὰ ὀστᾶ τοῦ Ἁγίου Παναγιώτη.