Κέντρο αναφοράς της Ιεράς Μονής Κύκκου είναι η Εικόνα της Παναγίας, που, όπως μεταδίδεται από γενεά σε γενεά, είναι έργο του Αποστόλου Λουκά, ο οποίος τη ζωγράφισε, έχοντας ως πρότυπο την ίδια τη Θεοτόκο. Η Αγία Εικόνα είναι γνωστή και ως Παναγία η Ελεούσα (πηγή ελέους). Σ’ αυτήν εικονίζεται η Παναγία να βαστάζει με το δεξί της χέρι τον Χριστό. Χαίρει πανορθόδοξης φήμης και αρκετές εικόνες σε πολλές χώρες, όπως στην Ελλάδα, τη Ρωσία, τη Γεωργία, τη Βουλγαρία, την Αίγυπτο και την Αιθιοπία, είναι αφιερωμένες στην Παναγία του Κύκκου, ένδειξη του μεγάλου σεβασμού που απολαμβάνει ανάμεσα στους ορθόδοξους λαούς.
Η Εικόνα είχε επικαλυφθεί το 1576 με αργυρή και επίχρυση πλάκα, ενώ νέα επικάλυψη έγινε το 1795. Το πρόσωπό Της είναι σκεπασμένο και ποτέ δεν αποκαλύπτεται, είτε γιατί έτσι το θέλησε ο αυτοκράτορας Αλέξιος, είτε για να εμπνέει περισσότερο σεβασμό.
Αναφέρεται χαρακτηριστικά πως το 1669 ο Πατριάρχης Αλεξανδρείας Γεράσιμος τόλμησε να ανασηκώσει το ύφασμα, για να δει το πρόσωπο της Θεοτόκου, αλλά για τη βέβηλή του πράξη τιμωρήθηκε και με δάκρυα στα μάτια υποχρεώθηκε να ζητήσει συγχώρεση από τον Θεό.
Η Αγία Εικόνα της Παναγίας του Κύκκου, καλυμμένη με αργυροεπίχρυση επένδυση του 1795.
Ο Ρώσος μοναχός Βασίλειος Μπάρσκυ, που επισκέφθηκε τη Μονή το 1735, γράφει ότι οι μοναχοί αποκάλυπταν την Εικόνα μόνο σε περιόδους ανομβρίας και αφού πρώτα Την μετέφεραν στη γειτονική κορφή, γνωστή ως “Θρονί”, όπου έψαλλαν σχετική παράκληση. Το έκαναν, χωρίς να βλέπουν το πρόσωπο Της, που κοιτούσε τον ουρανό.
Ο λαός αγάπησε πολύ την Αγία Εικόνα. Απειράριθμα είναι τα δημοτικά τραγούδια, με τα οποία ύμνησε την Παναγία την Κυκκώτισσα, και πάρα πολλές είναι οι ιστορικές μαρτυρίες για τις τιμές, που της απέδιδε κατά τις λιτανείες σε ολόκληρο το νησί. Την ίδια τιμή απολάμβανε και ανάμεσα στους πιστούς πολλών άλλων περιοχών, οι οποίοι παλαιότερα συνδύαζαν το προσκύνημά τους στους Αγίους Τόπους με επίσκεψη στο ξακουστό μοναστήρι.
Σήμερα βεβαίως, που τα σύγχρονα συγκοινωνιακά μέσα διευκολύνουν και συντομεύουν τις μετακινήσεις, ο αριθμός των προσκυνητών, που το επισκέπτονται, είναι πολύ μεγάλος. Στη Μονή καταφθάνουν άνθρωποι από διάφορα μέρη της γης και προστρέχουν στη θαυματουργή δύναμη της Θεοτόκου, ζητώντας, είτε να θεραπευθούν, είτε να αντλήσουν δύναμη, για να αντεπεξέλθουν στις δοκιμασίες της ζωής.
Χαρακτικό με την απεικόνιση της διάσωσης της Αγίας Εικόνας της Παναγίας του Κύκκου από τον “λήθαργο”
Στον ναό βλέπουμε αφιερώματα, τα οποία μαρτυρούν τα θαύματα της Θεοτόκου. Κομμάτι από γλώσσα ξιφία, π. χ., προσφέρθηκε, για να θυμίζει τη σωτηρία από βέβαιο πνιγμό των ναυτικών ενός πλοίου, του οποίου τις πλευρές είχε τρυπήσει μεγάλος ξιφίας το 1718. Ένας μαύρος είχε προσπαθήσει να ασεβήσει στην Εικόνα και ξεράθηκε το χέρι του, ομοίωμα του οποίου υπάρχει σήμερα κοντά στην Αγία Εικόνα, για να υπενθυμίζει το γεγονός. Όλα γενικώς τα αφιερώματα εξιστορούν και αντίστοιχα θαύματα της Παναγίας, πολλά από τα οποία εξυμνούνται σε φυλλάδες, που κατά καιρούς κυκλοφόρησαν διάφοροι στιχουργοί.
Με τη δύναμη της Αγίας Εικόνας σε περιόδους μεγάλης ανομβρίας έβρεχε, οι στείρες γυναίκες αποκτούσαν παιδιά και οι άρρωστοι θεραπεύονταν. Τακτικά κατά το παρελθόν οι κάτοικοι του νησιού ζητούσαν από τους μοναχούς του Κύκκου να συνοδεύσουν τη μεταφορά της Εικόνας στα χωριά τους για αγιασμό, αφού πίστευαν πως η παρουσία Της και μόνον αρκούσε για να τερματιστεί ένα θανατικό, μία επιδημία, ένας λοιμός ή οποιαδήποτε άλλη θεομηνία. Ειδικά όμως η Αγία Εικόνα συνδέθηκε με την ανομβρία. Οι ιστορικές πηγές καταγράφουν συχνές λιτανείες και δεήσεις του λαού με την παράκληση να μεσιτεύσει, για να ανοίξουν οι ουρανοί.
Κατά τη διάρκεια της τουρκοκρατίας συχνά οι υπόδουλοι σε όλη την Κύπρο αναζητούσαν τη βοήθεια της Αγίας Εικόνας. Για τη μεταφορά και περιφορά Της εκτός Μονής χρειαζόταν ειδική άδεια, για την οποία οι χριστιανοί υπέβαλλαν σχετική αίτηση. Εντούτοις Οθωμανοί αξιωματούχοι αντιδρούσαν και οι χριστιανοί έφθαναν μέχρι τον σουλτάνο, για να αποσπάσουν την αναγκαία άδεια με την έκδοση φερμανίου, ούτως ώστε να απαλλάσσονται από τις πιέσεις τους, όπως μας πληροφορεί, π.χ., και ένα φερμάνι του 1634.