Το Μεσοχώρι ανήκει στον δήμο Αρχανών – Αστερουσίων της Περιφερειακής Ενότητας Ηρακλείου που βρίσκεται στην Περιφέρεια Κρήτης, σύμφωνα με τη διοικητική διαίρεση της Ελλάδας όπως διαμορφώθηκε με το πρόγραμμα “Καλλικράτης”.
Η επίσημη ονομασία είναι “το Μεσοχώριον”. Έδρα του δήμου είναι τα Πεζά και ανήκει στο γεωγραφικό διαμέρισμα Κρήτης.
Κατά τη διοικητική διαίρεση της Ελλάδας με το σχέδιο “Καποδίστριας”, μέχρι το 2010, το Μεσοχώρι ανήκε στο Τοπικό Διαμέρισμα Μεσοχωρίου, του πρώην Δήμου Αστερουσίων του Νομού Ηρακλείου.
