Ο Άγιος Ιωάννης ανήκει στον Δήμο Ηρακλείου της Περιφερειακής Ενότητας Ηρακλείου που βρίσκεται στην Περιφέρεια Κρήτης, σύμφωνα με τη διοικητική διαίρεση της Ελλάδας όπως διαμορφώθηκε με το πρόγραμμα “Καλλικράτης”.
Η επίσημη ονομασία είναι “ο Άγιος Ιωάννης”. Έδρα του δήμου είναι το Ηράκλειο και ανήκει στο γεωγραφικό διαμέρισμα Κρήτης.
Κατά τη διοικητική διαίρεση της Ελλάδας με το σχέδιο “Καποδίστριας”, μέχρι το 2010, ο Άγιος Ιωάννης ανήκε στο Τοπικό Διαμέρισμα Νέας Αλικαρνασσού, του πρώην Δήμου Νέας Αλικαρνασσού του Νομού Ηρακλείου.
